O Concello de Boqueixón sitúase a uns 15 Km. ó sureste de Santiago de Compostela, no sur da provincia da Coruña e no centro oeste de Galicia.

Localizado na vertente dereita do río Ulla, limita cos seguintes concellos: ó norte cos de Santiago e O Pino; ó sur cos de Vedra, A Estrada e Silleda (estes dous últimos na provincia de Pontevedra) ó leste con Touro e Vila de Cruces (tamén en Pontevedra); e ó oeste con Santiago e Vedra.

A este municipio accédese principalmente pola estrada N-525 Santiago-Ourense, que atravesa o concello no seu límite suroccidental. Dende esta estrada comeza na Susana, a uns 8 Km. de Santiago, a AC-260 que é a principal arteria de comunicación que cruza todo o Concello polas parroquias de Sergude, O Forte, Camporrapado e Ponte Ledesma, continuando pola provincia de Pontevedra. Pouco antes, esta estrada, crúzase en Vilar (Touro) coa AC-240 que vai de Ponte Ulla a Arzúa. Ó concello tamén se pode acceder pola AC-261 que o comunica co oeste do Concello de Santiago.